当大本营和满洲军军部得知了乃木希典大将开挖的坑道在短时间之内已经连续两次被俄国人爆破掉之后，他们顿时都对乃木希典是否能够在较短时间之内攻下符拉迪沃斯托克要塞表示担忧。
为此，满洲军司令大山岩元帅特地到乃木希典的指挥部找到了他，脸上带着特有的迟钝表情：“乃木君，现在俄国人的反坑道作业进行的十分之猖獗，你可有什么良策？”
“大山君，我已经为此修改了作战计划，请您过目。”乃木希典从桌子上拿起一份文件，双手递给了大山岩。
这份作战计划与之前的计划有着一定的区别，即在原本的坑道爆破的基础上，增加了夜袭，以及调用大批的大口径火炮对准符拉迪沃斯托克要塞的主要堡垒进行狂轰滥炸。
之前乃木希典是因为怕伤亡过多，遂只采取了坑道爆破。而现在，则是因为计划的改变而采用了一些其他的战术。
符拉迪沃斯托克要塞与旅顺要塞的设计几乎是一模一样，是同一时期设计并且建造的，而且，永固工事的设计强度也是和旅顺要塞的一模一样，都是能够防御230毫米火炮的直接打击。但是，日本的攻城重炮却是280毫米的，完全有能力轰开要塞的坚固堡垒。
就在这个时候，一个日军参谋走了进来在乃木希典的耳边说了几句话。乃木希典在听完之后，脸上现出了一丝喜色，对着大山岩说：“大山君，我现在请你看一场大戏。”
两个人走出帐篷，来到了指挥部旁的一座小山包上，向着符拉迪沃斯托克要塞的方向望去。
过了没一会儿，一声巨大的爆炸声响了起来。一大团泥土被地下的炸药给掀上了天空。
那是，日本工兵在先听到俄国工兵的坑道掘进的声音之后，抢先引爆了炸药，将坑道里的俄国人都送上了天。
这是一九零六年十一月的第三次坑道爆破。
十一月十七号，乃木希典大将命令攻城炮兵旅团使用刚刚运输抵达的280毫米重型榴弹炮，向着弗拉迪沃斯托要塞的一号、二号堡垒进行了猛烈的轰击。
这些重达二十六吨的重型榴弹炮在这个没有公路和重型载重汽车的年代，只能通过铁路运输。而后方铁路经过了满铁的紧急的抢修之后，这些重型榴弹炮终于被运输上了前线。连带着每枚重达二百一十七千克的炮弹，总共送来了二十八门，以及三千发的炮弹。
还在日俄战争进行之中，日本政府就已积极策划开始对辽南和大连地区进行军事管制式的行政统治。1904年4月17日，日本东京大本营设置满洲军政委员会。该军政委员会的出笼，是战时的大连地区进入到边战边管的军政合一的统治时期。1906年1月，日本西园寺公望内阁为了加快对华夏辽南地区的经济开发，由外交、财政、邮电等部门合议组成“满洲经营调查委员会”，曾在日俄战争时期担任日本满洲军总参谋长的儿玉源太郎出任该委员会的委员长。“满洲经营调查委员会”的主要任务就是谋划对华夏东北（重点是辽南及大连地区）的殖民扩张、经济掠夺的战略计划及施政方案和政策。
日俄战争的结束，让日本政府已经充分地认识到，加速对华夏东北地区丰富资源的开发，以满足日本国内日益贫乏的资源的需求，是至关重要的。要完成这样一个庞大的计划，仅有一个指导机关是不够的，必须要有具体的实施部门来加以完成。而此时后藤新平所一贯坚持的：经营和开发满洲需以铁路为中心的主张，随着日俄媾和条约的签定，沙俄将从长春宽城子至旅顺的铁路和一切支路、铁路内所附属的一切权利与财产、铁路内所附属的一切煤矿，不受补偿以华夏清政府允许为名全部转让给日本，从而使日本取得南满铁路的垄断事实，在日本朝野上下得到共鸣。
就在日俄战争的硝烟还弥漫于辽东半岛的上空的时候，后藤新平受内阁总理大臣桂太郎的指派来到日本满洲军参谋部慰问儿玉源太郎。席间，二人的话题重点谈论了战后经营华夏辽东半岛一事，后藤新平坚决的主张：“必须重点经营铁路，要从全局出发……，准备与俄国进行再次的交战。”
后藤新平向儿玉源太郎面议经营满洲的方针，概括起来主要是以下四点：第一，经营铁路；第二，开发煤矿；第三，移民；第四，发展畜牧业。后藤新平的这种“满洲经营论”后来又进一步演变成“对满洲文治的军备论”。
后藤新平作为满铁的首任总裁这一段时间中，他以一个“殖民地经营家”的角色，制定了满铁的基本发展方向，同时他也参与制定了大连城市的建设发展规划。
后藤新平在入主满铁后迫不及待地提出了“文装的武备”这一殖民主义统治策略。所谓的“文装的武备”这个词，随着时间的流逝其具体内容也逐年有所不同。
最初的“文装武备”简而言之，就是用文事设施，以备外来的侵略，能够在突发事变时兼可有助于武力行动。后藤新平的这一主张，形象地说，就好象是在文人的服装内裹着一个体格强健的军人。但有一点是可以肯定的，后藤新平这里就是要在华夏的东北通过以发展经济力量的方法，来达到增强军事实力的目的，而不是赤裸裸地去加强军事力量。
其实在他的“文装的武备”统治策略中还有另外一种含义，就是要把其在台湾所施行的惯用手段“王道与霸道”更好地运用于满铁的施政管理之中。
1898年，后藤新平出任台湾总督府民政长官后，他首先废除了前任总督乃木希典的“三段警备”的统治模式，排除军队对地方治安的管理，加强警察的势力，以强化地方治安。台湾的“警察政治”是由后藤新平所创立的一种渗透于民间，而无孔不入、无处不在的统治形式。以至当时当地的民众对警察的恐惧达到谈虎色变的程度。更有哭嚎的孩子一听到“警察”二字，便会立即止声而泣。
1898年8月，后藤新平颁布了“保甲条例”，从而把始于明朝末年郑氏政权时代，清朝初年奠定基础的保甲制度，进一步给予了强化。
保甲编组以户为单位，设户长；十户为甲，设甲长；十甲为保，设保长。各保就该管区域内原有乡镇界址编定，或并合数乡镇为一保，但不得分割本乡镇一部编入他乡镇之保。大乡镇得编组为若干保，设保长联合办公处，由保长互推一人为主任。户长基本由家长充任，保甲长名义上由保甲内各户长、甲长公推，但县长查明不能“胜任”，或认为有更换必要时，得令原公推人另行改推。户长须一律签名加盟于保甲规约，并联合甲内户长共具联保连坐切结，声明如有“为匪通匪纵匪”情事，联保各户，实行连坐。
连坐也即是一人犯法，其家属亲友邻里等连带受处罚。一人造反或者是违反了日本人订的殖民地法律，就要处罚一甲的人，而如果一甲的人都造反或者违反殖民地法律，那么就要处罚一保的人。而日本人的处罚一般都是直接处死。
在这个条例中，加强了警察的管理作用，突出了当地居民之间的连带责任。使之能够相互监视，相互告密等。后藤新平的这个保甲制度的实行，对维持台湾的地方社会治安发挥了强大的威力。
在同年11月，后藤新平又颁发了“匪徒刑法令”。有人在评论这部法令时说，其“有如秋霜烈日”。自后藤新平就任总督府民政长官始至1902年短短的5年间，在这部法令下被处死的台湾民众就有33000多人，该数字超过当时台湾总人口的百分之一。