当然，作为新人的新手任务，我们的小管家刚一进入《超级机器人大战》位面，自然是不会去执行那种拯救宇宙，或者是毁灭地球文明一类的逆天任务的。
他与十七名新手玩家，是以“在战争中意外登上宇宙军舰的平民”身份，出现在一代名舰，“大天使号”上的。没错，他们所经历的剧情主线，正是高达seed中，剧情刚开始的那一段时间。
在人工卫星生活的调整者“dintor”（基因改造人），由调整者居住的殖民卫星组成的“zf.t.”（扎夫特）政权和地球联邦的对立日渐明显，终于双方放弃了所有的外交努力，撕下脸皮开始了军事行动，惨烈的宇宙战争自此爆发。
开战一年后，在中立的资源卫星国家赫立奥波利斯（属于地球中立国家奥布）上发生了一场战斗。
为了夺取“大西洋联邦”秘密研制的新型高性能机动战士“gundm”高达，扎夫特军队机动战士部队突袭了地球联合军。这个冒险的军事行动由于策划充分而且行动迅速，打的地球联合军措手不及，抢走5台地球军的新武器——“高达”中的4台，分别是暴风高达，决斗高达，迅雷高达，圣盾高达。
剧情主角基拉大和和好友阿斯兰都是生活在人造卫星上的调整者少年，他们从小住在一起，对未来有着同样的希望和梦想。阿斯兰因为“血色情人节”事件（地球联邦军阴谋炸毁了一座卫星都市，造成大量调整者死亡）中母亲的去世而决定加入扎夫特军队，成为一名机动战士驾驶员。而在这次偷袭行动中，阿斯兰也是其中成员之一。而此时的基拉大和还是一名工业学校的学生，在扎夫特军的突袭中，他被地球联合军上尉玛琉－拉米亚斯（未来的巨/乳舰长）带入未被抢走的强袭高达（strikegundm），而在随后的战斗中，精通编程的基拉在1分钟内就把强袭高达原有的自然人用操作系统修改为调整者用操作系统，击败了扎夫特的吉恩，展现出惊人的战斗天赋。然而扎夫特军队的追击如影随形，为了保护身边的朋友，基拉大和不得不继续驾驶强袭高达，和一群地球联邦的军人与他的几名同窗好友一起登上了刚建造完成的地球联邦军最新型宇宙战舰“大天使号”，开始了逃亡与争斗的旅途。当然，和他们在一起的，还有被主神强插进去的游戏者了……
剧情正式开始，而这群游戏者所接到的主神任务，最初看来，倒是并不困难……“生存至大天使号成功前往地球上的国家奥布”……
原本大家都以为这仅仅只是一场像看好戏一样的剧情任务，毕竟原剧情上看，大天使号最终是有惊无险的成功到达的。
但是当大天使号几次三番差点被敌军击沉，一些本不该死的剧情人物陆续阵亡后，众人终于意识到，这里不是原著世界！如果自己再不去做些什么的话，那么肯定大天使号是撑不到前往地球国家奥布的。
于是，在一些头脑清醒的积极分子的带领下，这群游戏者纷纷自告奋勇，去接手大天使号宇宙战舰上的一些力所能及的工作，从后勤管理，机体整备，到炮台操控，战舰维修，都有玩家去做，甚至还有人经过短期的机师培训后，获得了驾驶没有驾驶员的太空战机直接参加作战的权利。
而这些也并不是白做，主神借临危受命的战舰新任舰长玛琉－拉米亚斯之口，向游戏者们发布了大量和战舰相关的任务，从跑腿送信，到清理洗手间，再到击毁敌方战机，战舰，什么样的任务都有，而玩家完成后，则可以获得相应的生存点和经验值，当然也少不了大天使号相关声望的奖励。当然，清理一个马桶和击毁一艘战舰获得的奖励可是天壤之别的……